По нормам Налогового кодекса организация может в заявительном порядке возместить НДС из бюджета до завершения камеральной проверки налоговой декларации, подав соответствующее заявление в налоговый орган.
Однако если по результатам проверки налоговая инспекция признает возмещение НДС незаконным и решение о возмещении налога будет отменено, организация обязана вернуть излишне полученные суммы налога, а также уплатить начисленные на них проценты.
Уплатить проценты организация обязана в любом случае. Это касается также случаев, когда на момент признания возмещения незаконным у организации в карточке расчетов с бюджетом числилась переплата по НДС и, следовательно, бюджет не имел потерь в виде неправомерно возвращенной суммы налога.
Подробная информация от ФНС России здесь.