В соответствии с п. 3 ст. 78 НК РФ налогоплательщики вправе обратиться в ИФНС с заявлением о возврате переплаты по налогу в течение трех лет. Отсчет ведется с даты уплаты соответствующей суммы. Если этот срок пропущен, налог можно вернуть через суд при условии, что заявление подано в течение трех лет со дня, когда налогоплательщик узнал или должен был узнать о переплате. Обычно такой срок исковой давности считается с момента представления соответствующей декларации.
Разъяснения, как применять вышеуказанные правила в ситуации, когда организация ошибочно перечислила свои денежные средства под видом НДФЛ, дали судьи Арбитражного суда Западно-Сибирского округа. В постановлении от 05.02.2019 № Ф04-6772/2018 по делу № А75-7625/2018 суд, сославшись на правила ст. 226 НК РФ о том, что НДФЛ подлежит удержанию непосредственно из доходов физических лиц, пришел к выводу, что факт внесения своих собственных средств (наряду с удержанными суммами) организация должна обнаружить непосредственно в день уплаты удержанного налога в бюджет. Именно в этот момент организация способна точно определить, какая именно сумма была удержана у физических лиц. Значит, она сможет сравнить ее с перечисленной и зафиксировать переплату. Таким образом, в части НДФЛ трехлетний срок исковой давности для обращения в суд считается точно так же, как и срок по ст. 78 НК РФ на обращение с заявлением в инспекцию, то есть со дня уплаты.
